Simples!
A Nota Fiscal de Entrada, não está na mesma transação da Nota Fiscal de Saída. Dentre os motivos pelo qual isso pode ocorrer é o caso da Nota Fiscal de Entrada tenha sido feita manualmente na [R139 - Notas Fiscais de Entrada].
Obs: Nesses casos o Status ficará diferente do relatório R410, com a rotina R139.