Simples, verificar se o P811 " Calcular o DIFAL ST de Acordo com o Convenio ICMS 52/2017 " caso esteja ativo é isso o porque da diferença de calculo onde é alterado o valor da base de calculo.
Para maior entendimento do Convenio :
Link ùtil:
https://www.confaz.fazenda.gov.br/legislacao/convenios/2017/CV052_17