Se você é do regime especial e configurou o sistema para destacar ICMS ST em todas as operações de transferência, o sistema irá gerar a NF de entrada automaticamente sem o destaque do ICMS próprio, não aproveitando crédito na loja que recebeu a mercadoria.
Essa operação vale notas fiscais emitidas e efetuadas a entrada na loja de destino para que está em versão maior ou igual a v4.417.