Sim, caso o usuário possuir o direito EXCLUIR na rotina [R200 - Emissão de Ct-e] o botão excluir estará visível.
Basta selecionar o "CT-e" e então clicar em excluir, será necessário informar um motivo para a exclusão e clicar em Executar
Caso o CT-e em questão esteja autorizado não será possível a exclusão, lembrando que ao excluir um cte é necessário realizar a inutilização junto a Sefaz.