A partir da versão v457 a rotina [R890 - Sped PIS/COFINS] esta preparada para enviar os dados do emitente da nota de acordo com a chave fiscal, basta parametrizar a série utilizada, na rotina [78 - series por estabelecimento] e marcar o campo "Série p/ entrada de NFA-e?".
É necessário também que o CNPJ da chave eletrônica esteja cadastrado na rotina [93 - Cadastro de Fornecedor]. Feito isso, só basta gerar o arquivo de SPED e importar novamente.