Sim. A partir da versão v476 o sistema passa a permitir exibir notas sem valores de PIS e COFINS. Para gerar o relatório com essas novas informações basta marcar a opção "Exibir notas fiscais sem valor de PIS/COFINS?" na rotina [R418 - Pis e Cofins por Nota Fiscal] e então emitir o relatório.