Esta situação ocorre porque o Grupo de Itens do Item utiliza histórico de custo por tabela de preço.
Ao utilizar o histórico de custo por tabela de preço, os custos de compra e reposição não são determinados pela R135, mas sim pela R233 - Alteração de Preços por Item.
Você pode conferir se o Grupo de Itens do item utiliza histórico de custo por tabela de preço na rotina R132 - Grupos de Itens.