Sim, assim como na rotina [R451 - Nota de Entrada Simplificada], é possível informar a natureza da base de cálculo do crédito, na aba PIS/Cofins, para notas de conhecimento de frete vinculadas a uma entrada de nota a partir da rotina 

[R139 - Notas fiscais de Entrada], basta informar no campo marcado a opção que está sendo utilizada na operação de acordo com a lista disponibilizada pela SEFAZ.

Esta informação será utilizada posteriormente para geração do SPED contribuições através da rotina [R890 - Sped PIS/COFINS]