Sim, a partir da versão 534 o sistema passa a disponibilizar a dedução do FCP da base de cálculo de PIS e COFINS.
Basta ativar o parâmetro por estabelecimento [P1209 - Utiliza a dedução do FECP da base PIS/COFINS ?] na rotina [R33 - Parâmetros por Estabelecimento].
A dedução será realizada no momento do fechamento da venda, portanto durante a execução da venda não é possível conferir os valores.
Obs: Esta funcionalidade está disponível para as rotinas [R419 - Vendas Varejo] e [R11 - Fast Checkup].